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Oligo Pools探针池合成服务----目标区域捕获/外显子组捕获/合成生物学应用

 

Oligo Pools是使用电化学方法,同时在多张12k94k的芯片上快速、精确的合成带有相同PCR引物端的长度一般在澳门永利高投注网的寡核苷酸序列。将其洗脱后,经严格质控形成寡核苷酸池(Oligo Pools),用于后续实验。

全基因组外显子捕获及目标区域捕获,是NGS中常用的方法,可以提高测序的深度、准确性及灵敏度,极大的降低测序成本及问题分析的复杂程度。我们常使用RNA捕获试剂盒来富集目标区域,但目前常见的全基因组外显子捕获试剂盒及目标区域捕获试剂盒探针数量有限,价格昂贵。Oligo Pools的出现极大的降低了外显子捕获及目标区域捕获的成本。合成的Oligo Pools经过扩增和转录,可制备供上万次捕获所用的RNA探针,极大的降低了捕获的成本。

基因表达文库的构建也需要大量的引物,传统合成简并引物的方法会导致库冗余性增加,增加筛选难度,从而影响实验成功率,而且传统合成简并引物方法成本较高。

 

应用领域

 

1. NGS定制目标区域捕获探针合成

2. NGS全外显子组捕获探针合成

3. CRlSPR/Cas9基因编辑所需的大量单链oligo合成

4. siRNA合成、基因合成、复合文库合成

 

Oligo Pools合成过程

 

 

 

生物素标记的RNA探针合成过程及捕获原理

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Oligo Pools合成服务优势

1. 通量高:可同时合成八张芯片,每张芯片最多含12000条或94000条寡核苷酸;

2. 精度高:电化学合成,精确控制每一步合成反应;碱基错误率低至0.5%;;严格质控,保证95%以上探针具有活性;

3. 成本低:Oligo Pools经扩增和转录制备的探针,可用于数万次捕获,极大降低捕获成本;

4. 效率高:转录的生成的RNA探针,均一性好,确保了目标区域覆盖度和捕获效率高;

5. 兼容性好:Oligo Pools转录生成的RNA探针可与常用NGS文库构建试剂盒兼容;

6. 灵活性高:可根据客户需求灵活设计探针;针对目标区域大小,提供12k94k两种不同规格的芯片选择;

7. 周期短:从提供目标序列到Oligo Pools交付只需三周。

 

思博全提供服务

1. 用于制作RNA捕获探针的Oligo Pools原液

2. 探针设计

3. 定制目标区域捕获的RNA探针

4. 外显子组RNA捕获探针

 

产品规格及说明

 

Item

Product

Description

Capture Coverage

1

Oligo Array 12K Pool

12000 Oligos

10 to 130 mer in length

~ 600K

2

Oligo Array 12K Pool

12000 Oligos

131 to 160 mer in length

600K ~ 780K

3

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94000 Oligos

10 to 130 mer in length

~ 4.7M

4

Oligo Array 94K Pool

94000Oligos

131 to 160 mer in length

4.7M ~ 6.1M

 

 

Oligo pools应用相关参考文献

 

"Large-scale de novo DNA synthesis: technologies and applications", by Sriram Kosuri and George M. Church, Nature Methods, May, 2014, Vol. 11, No. 5, pp. 499–507.

 

"Genetic Screens in Human Cells Using the CRISPR/Cas9 System", by Tim Wang, Jenny J. Wei, David M. Sabatini, and Eric S. Lander, Science, Jan. 3, 2014, Vol. 343, no. 6166, pp. 80-84.

 

"Genome-Scale CRISPR-Cas9 Knockout Screening in Human Cells", by Ophir Shalem, Neville E. Sanjana, Ella Hartenian, Xi Shi, David A. Scott, Tarjei Mikkelson, Dirk Heckl, Benjamin L. Ebert, David E. Root, John G. Doench, Feng Zhang, Science, 3 January 2014, Vol. 343, no. 6166, pp. 84-87.

 

"Robust Chemical Preservation of Digital Information on DNA in Silica with Error-Correcting Codes", by Grass, R. N., Heckel, R., Puddu, M., Paunescu, D. and Stark, W. J. (2015). Angew. Chem. Int. Ed., 54: 2552–2555.

 

 
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