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试剂盒、耗材、备件

全自动NGS片段分析系统

 

Fragment AnalyzerTM 全自动DNA/RNA 分析系统(全自动毛细管电泳系统),是美国illumina公司官方指定推荐的用于自动化NGS文库、RNA、基因组DNA质控平台,在illumina公司官方网站上有明确详细的介绍和推荐。目前在illumina公司美国、欧洲已全部采用Fragment Analyzer用于NGS文库、RNA和基因组DNA的日常质控工作。

 

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Advanced Analytical成为ILLUMINA公司NGS文库制备合作伙伴

Fragment Analyzer全自动DNA/RNA片段分析系统是美国AATI (Advanced Analytical Technology Inc.)公司生产的全自动NGS文库、RNA、gDNA片段大小定性定量分析工具。

文库制作全自动工作流程

全自动化测序文库制备过程不仅可以减小错误,缩短人工操作时间,而且可以提高实验通量,illumina公司的TruSeqNextra试剂盒采用mastermix试剂和简化的protocol以达到自动化。

Illumina与国际领先的全自动的液体操作、片段化以及片段大小筛选技术合作,更加有助于实现测序的全自动化。下面介绍的自动化方案和方法,使得从样本到生物学相关数据的过程更加简单、高效。

全自动片段化与片段大小筛选

片段化与片段大小筛选是一项费力费时的工作。Advanced Analytical公司所提供的片段大小分析仪可使得这个过程更简单高效。

Fragment Analyzer:NGS文库,基因组DNARNA的定性与定量

  • 获得2014 Frost &Sullivan 新品创新奖
  • 自动化:分析样本可达288个,1296样品
  • 高灵敏度:检测峰为5pg/ul,弥散条带为50pg/ul
  • 片段分析长度范围:10bp-40000bp
  • 运行可靠:设定快速,运行快,失败几率微乎其微。



 

 

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1.应用背景

NGS(Next Generation Sequencing),随着新一代测序的通量和费用不断改善,样品制备和检测成为整个NGS流程中亟待改善的一环。快速准确地将基因组DNA进行片段化是NGS新一代测序技术中尤为关键的步骤。测序文库中DNA片段的质量好坏则是关系测序质量高低的决定性因素,能否快速剪切并测量酶切产物质量是整个测序文库构建过程的流程瓶颈。
Fragment AnalyzerTM全自动毛细管电泳系统结合相应NGS片段分析定性定量试剂盒的推出,大大减少手工操作时间,高通量、快速、精确对NGS文库进行质量的检测。

 

2Fragment AnalyzerTM系统与传统NGS片段检测技术分析时间的比较

Fragment AnalyzerTM实验流程 VS 传统芯片检测实验流程

 

 

 

  • 配制胶液/染料并于常温保存
  • 96孔板中依次加入2ul ladder,待测样品再向其中加入DM buffer
  • 96孔板放入仪器
  • 启动仪器,开始检测
  • 分析结果
  • 输出结果
  • 配制胶液/染料并于永利大爆奖注册送56避光保存
  • 将胶液置于常温30min
  • 取出芯片
  • 将芯片孔中加入9ul胶液
  • 安装芯片底座,等待60s
  • 继续等5s
  • 取下芯片
  • 再向芯片中加入9ul胶液
  • 向每个样品孔中加入5ul marker
  • 向一个孔中加入1ul ladder
  • 向每个孔板中加入1ul待测样品
  • 将芯片至于涡旋振荡器上
  • 振荡60s
  • 将芯片放入仪器(在5min内完成)
  • 启动仪器(预试时间10min;60-90s/每个样品)
  • 分析结果
  • 输出结果

3NGS选用Fragment Analyzer的理由

  • 高通量:每天可完成1500个样品的检测
  • 全自动:无需芯片和手动灌胶
  • 精确度高:可检测最低浓度为5pg/μl
  • 运行时间短:可在45min永利大爆奖注册送5655min内完成1296个样品的分离
  • 检测灵敏度高:仅需要2μl样品即可准确定量
  • 无样品间交叉污染:每次试验后更换毛细管中的分离胶,避免污染
  • 强大的数据分析软件:PRO SizeTM2.0软件可自动完成片段弥散分析、并输出片段大小分布和浓度数据。
  • 适用于各类NGS仪器平台:可分析15000bp大片段
  • 适用于NGS多个环节的检测:包括基因组DNA的质量分析、NGS片段文库的分析、接头连接检测以及文库丰富度分析



 

4.Fragment Analyze用于文库质控应用实例


 


 

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5Fragment AnalyzerTM系统gDNA完整性分析应用示例



 

1Fragment AnalyzerTM系统下,NGS流程中基因组DNA质量分析结果,红色:完整的基因组DNA 蓝色:部分降解;黑色:严重降解


2Fragment AnalyzerTM系统下NGS片段文库的分离(上)和定量(下)结果。定量结果显示,NGS片段弥散范围主要在200-1000bp之间,同时计算出各个样品的浓度(μg/μl),比例(% total),摩尔分数(nmole/L),平均片段长度(Avg.Size,变异系数(%CV

 

3Fragment AnalyzerTM系统可明显将NGS片段接头连接前后进行区分

 

6Fragment AnalyzerTM 系统用于RNA分析的优势、应用示例

u   高通量,适应基因表达谱分析需要

u   全自动,分离胶和样品自动上样

u永利大爆奖注册送56运行成本低,无需芯片

u   运行时间短,50min内完成1296RNA样品的检测

u   灵敏度高,RNA最低检测下限为5ng/μl

u   可同时对RNA样品进行定性和定量,并计算18S28S的量和比例,不同颜色显示,结果更直观

u   配套总RNA/mRNA分析试剂盒


 


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1Fragment AnalyzerTM系统下不同浓度的总RNA分离(左)和数字凝胶成像图(右)


 2Frament AnalyzerTM系统:小鼠肝脏总RNA检测结果,同时系统给出RNA的浓度,28S /18S 的比例,以及RNA质量系数。28S蓝色,18S粉红色)

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3Frament AnalyzerTM系统不同浓度的mRNA分离(左)和数字凝胶成像图(右)



 

 
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