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CustomArray芯片合成仪

1. 应用背景

全基因组外显子捕获和目标测序外显子捕获,是二代测序中的重要应用,这需要一次性合成几十至几百万条引物,传统的引物合成是无法实现的,全世界的合成仪全部运转起来,也无法完成该项工作

OligoArray芯片式合成仪的出现解决了该问题,根据不同的配置,OligoArray可以一次性合成几万至几十万条引物OligoPOOL,几十万条引物在一个管中,这样,在二代测序时,就可以在有限容量的芯片中,进行有针对性的目标序列进行深度测序。得到质量更好的数据。

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 2. OligoArray工作原理

将芯片放入合成仪中,合成仪控制芯片中每一个合成池的电极电位,在芯片上(一般为12000或者90000个合成池,即可同时合成12000永利网上娱乐平台90000DNA的芯片),按照软件设计的DNA序列,合成一定长度的DNA,由待合成引物的3’端向5’端合成,相邻的核苷酸之间通过3'5'永利网上娱乐平台DNA/RNA。合成后的大量DNA从芯片上剪切下来,即单管中就会含有几万条引物,用于二代测序等工作。

 

 

3. OligoArray的主要功能及应用范围

  • 高通量Oligo合成
  • 基因合成
  • 全基因组外显子捕获引物合成
  • 小RNA合成

4. OligoArray技术参数:  

  • 永利网上娱乐平台Oligo合成。
  • 可同时装载18张12k芯片(以8x12k配置为例)或者1~8张90k芯片(以8x90k配置为例),芯片规格:12K90K
  • 单次最多合成8x90000Oligo (以8x90k配置为例)
  • 单次运行时间:小于48小时(以80mer Oligo为例)
  • 合成规模:每个Oligo合成量约为1f Mol
  • 6个标准Amidite接口,6个试剂瓶位
  • 电化学去保护

5. OligoArray技术要求  

  • 一次合成最多8x90,000Oligo(8x90k配置为例),或者8x12,000条Oligo(8x12k配置为例),48小时内即可完成,
  • 平均每个合成循环的时间约为30分钟(每延伸一个碱基的反应为一个循环)
  • 每个Oligo的合成规模在1f Mol左右(以80mer长度为例)
  • 可合成最长达170merOligo(长度越长,产率越低)
  • 8个合成池。
  • leave it on模式。
  • 6个单体瓶位和6个试剂瓶位
  • 可使用非修饰单体或修饰单体和试剂进行合成
  • 电化学方法去保护,采用选择性去保护方法,只将需要延伸的Oligo进行去保护反应,随后进行合成反应。
  • 如选择Microarray配置,芯片可以在单色或者双色荧光Reader上进行扫描。
  • 合成的Oligo可以Leave on chip 或者剪切下来做成Oligo Pool

 

 
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